內設機構：

一、綜合管理部（國際合作部）

負責協會日常工作管理、人力資源管理、財務管理、后勤保障、對外聯系、國際合作及外事工作等事項。

二、政策研究部

負責推進行業智庫建設，開展相關政策研究、行業信息統計與發布，組織行業優秀獎評選，承擔協會工程咨詢研究院辦公室日常事務等事項。

三、資信資格部（培訓部）

負責工程咨詢單位資信評價工作，組織開展咨詢工程師（投資）職業資格考試、執業登記、執業檢查和繼續教育等事項。

四、會員服務部（《中國工程咨詢》雜志編輯部）

負責會員服務、助力會員發展、反映會員訴求、維護會員合法權益、政策信息宣傳、協會相關出版物編輯發行等事宜。

五、標準信用部（專家學術委辦公室）

負責工程咨詢行業（專業）標準規范的研究制定與發布、行業信用體系建設、評價、應用，承擔協會專家學術委員會辦公室日常事務，聯系各行業（專業）委員會等事項。

分支機構：

中國工程咨詢協會技術經濟（暨質量合同管理）專業委員會

中國工程咨詢協會鐵路專業委員會

中國工程咨詢協會公路專業委員會

中國工程咨詢協會電力專業委員會

中國工程咨詢協會地鐵專業委員會

中國工程咨詢協會建材專業委員會

中國工程咨詢協會水利專業委員會

中國工程咨詢協會水運專業委員會

中國工程咨詢協會石油天然氣專業委員會

中國工程咨詢協會石油化工醫藥專業委員會

中國工程咨詢協會工程管理專業委員會

中國工程咨詢協會電子信息工程專業委員會

中國工程咨詢協會機械專業委員會

中國工程咨詢協會農業專業委員會

中國工程咨詢協會林業專業委員會

中國工程咨詢協會生態環境專業委員會

中國工程咨詢協會市政專業委員會

中國工程咨詢協會建筑與城鄉規劃專業委員會

中國工程咨詢協會投融資專業委員會

中國工程咨詢協會黨支部：

第一黨小組

第二黨小組

第三黨小組

第四黨小組